La inscripción y mantenimiento en los Registros del COPAE están sujetos a las correspondientes tasas, existiendo diferentes cuotas según el tipo de operadores. Los ingresos del COPAE derivados de las tasas de los operadores se destinan a financiar los gastos de funcionamiento y administración del COPAE y parte de los gastos destinados a promocionar la agricultura ecológica y el consumo de los alimentos ecológicos.

Una de las ventajas del sistema de certificación pública es que, hasta el momento, los gastos de control y certificación son subvencionados al 100 % con fondos públicos, por lo que los operadores no tienen que asumir el coste de control y certificación. De esta forma los productores que realicen la conversión a la producción ecológica no se ven perjudicados al inscribirse en un sistema de certificación.

Puede consultar las tasas del COPAE descargando el siguiente archivo: Tasas del COPAE de 2007