El objetivo de la producción ecológica es obtener alimentos saludables y de máxima calidad que merezcan la confianza del consumidor. En la agricultura y ganadería ecológica se mantiene e incrementa la fertilidad de la tierra sin utilizar pesticidas ni abonos químicos para evitar el deterioro del medio ambiente. Se respeta el bienestar de los animales, sin forzar sus ciclos naturales, y se fomenta la diversidad genética utilizando animales de razas autóctonas y cultivos de variedades locales. Se prohíben los organismos modificados genéticamente (conocidos como OGM´s o transgénicos) con el fin de evitar la pérdida de la diversidad genética y evitar efectos perjudiciales para la salud y el medio ambiente.

Lejos de ser una vuelta al pasado, es un sistema de producción agraria que mira al futuro y que basa sus prácticas en los conocimientos técnicos más actuales de producción y elaboración de alimentos, sin dejar de tener en cuenta las prácticas tradicionales.

Generalmente hablamos de la agricultura ecológica en general para referirnos no sólo a la agricultura ecológica, sino también a otras producciones como son la ganadería ecológica y la apicultura ecológica. Recientemente se han incluido también normas de acuicultura ecológica. También están sujetos a las normas de producción ecológica la elaboración de alimentos a partir de productos procedentes de la producción ecológica, su importación y su comercialización.