En el COPAE hay un Registro de Comercios Minoristas de alimentación que realizan la venta de productos ecológicos de forma fraccionada (fruta, huerta, carne al corte, etc.)

Los puntos de venta inscritos en el COPAE deben cumplir unas normas para garantizar la separación y diferenciación de los productos ecológicos y están sometidos al sistema de control, de forma que el COPAE realiza inspecciones periódicamente que incluyen tomas de muestra para su análisis. Por ello, estos establecimientos son especialmente recomendados para el consumidor porque tiene la garantía de que los productos que se venden proceden de la agricultura y ganadería ecológica.