El COPAE ejerce las labores de control sobre los distintos operadores inscritos en todos los procesos de producción, elaboración y comercialización de los productos ecológicos. Los inspectores de COPAE realizan periódicamente controles exhaustivos mediante inspecciones y auditorías a los operadores inscritos. Todos los operadores son controlados, como mínimo, una vez al año.

Los controles incluyen tomas de muestras de los distintos productos, que son enviadas a laboratorios acreditados para garantizar la ausencia total de residuos de sustancias prohibidas, como pesticidas, organismos modificados genéticamente, antibióticos, aditivos no autorizados, etc.