En el COPAE hay un órgano de gobierno, que es el Pleno del Consejo, en el que están representados los productores, elaboradores, consumidores y la administración del Principado de Asturias. Entre los vocales que constituyen el Pleno del Consejo se elige el titular de la Presidencia.


Para ejecutar los trabajos del COPAE existe una Dirección Técnica, que se encarga de coordinar todas las labores de control, certificación, promoción y administración. El COPAE cuenta con personal propio contratado para realizar estos trabajos.

Para asegurar la independencia e imparcialidad en el proceso de certificación existe un Comité de Certificación, constituido por técnicos de la administración del Principado de Asturias cualificados en materia de producción agraria ecológica.